Quinze ans après le "Second Impact", une catastrophe d'une ampleur inouïe qui a anéanti la moitié de l'humanité, les survivants reprennent peu à peu leur vie quotidienne. Un adolescent de 14 ans, Shinji Ikari, est convoqué à Tokyo 3 par son père, qu'il n'a plus vu depuis 10 ans. Une créature géante, un "Ange" apparaît alors sur la ville. L'armée engage immédiatement le combat, en vain. Au quartier général de la NERV, une organisation secrète, Shinji apprend l'existence d'une arme humanoïde gigantesque, l'EVA 01. Son père lui ordonne d'en prendre immédiatement les commandes et d'affronter l'Ange. Alors que le sort du monde entier repose sur ses épaules, comment Shinji va-t-il mener ce premier combat ? Que cache le plan de complémentarité de l'homme ? Gendo Ikari, l'homme qui détient peut-être la réponse à ses questions, observe silencieusement son fils engagé dans un combat désespéré...
